O genoma do rato d’água ajudará a promover a conservação de um dos mamíferos mais ameaçados do Reino Unido

O genoma, lançado hoje (24 de junho de 2021) até Bem-vindo Pesquisa Aberta, está disponível abertamente como uma referência para pesquisadores que buscam avaliar a genética da população de ratos aquáticos, entender melhor como a espécie evoluiu e gerenciar os esforços de reintrodução.

O rato-d’água europeu (Arvicola amphibius) é um pequeno mamífero semi-aquático que vive nas margens de habitats de água doce e em áreas úmidas. A espécie é nativa da Europa, Ásia Ocidental, Rússia e Cazaquistão. Embora o status de conservação do rato d’água seja ‘menos preocupante’ em todo o mundo, as populações no Reino Unido diminuíram a tal ponto que a espécie é considerada ameaçada de extinção nacionalmente. A perda de habitat e a predação pelo vison americano, uma espécie exótica invasora, reduziram a população do Reino Unido de 7,3 milhões em 1990 para cerca de 132.000 em 2018.

Os arganazes aquáticos ganharam proteção legal total no Reino Unido em 2008. Houve uma série de projetos de conservação no Reino Unido com o objetivo de apoiar as populações de arganazes aquáticos, incluindo esforços para a restauração do habitat e controle da população de visons americanos. Esforços também estão em andamento para reintroduzir o rato-d’água em uma série de habitats urbanos e selvagens restaurados, bem como para mitigar o impacto de novos empreendimentos.

Os arganazes aquáticos europeus retornaram à Grã-Bretanha de refúgios sem gelo na Península Ibérica e na Europa Oriental após a última era glacial, e esses dois clados contribuíram para a diversidade genética nas populações do Reino Unido. Essa diversidade pode ser evidente em alguns traços, como o pêlo preto dos ratos-d’água escoceses, que é diferente daqueles na Inglaterra, que tendem a ter pêlo marrom. Mas a riqueza total da diversidade genética não pode ser estimada apenas pela aparência. Também não se sabe quanta diversidade foi perdida como resultado do recente colapso populacional.

Hazel Ryan, Oficial de Conservação Sênior do Wildwood Trust, disse: “Os ratos-da-água são animais incríveis e não entendemos completamente o que os ecossistemas perdem sem eles. Eles são meticulosos administradores de habitat, quase como castores em miniatura do jeito que são. Caules caindo , escavação e alteração da paisagem Suspeitamos que algumas populações de ratazanas d’água se tornaram consanguíneas nas últimas décadas devido ao número decrescente e à fragmentação das populações devido à perda de habitat. O genoma de referência nos oferece uma maneira de entender melhor a diversidade genética para reintroduções e considerar a mistura indivíduos para garantir que as populações tenham a melhor chance de prosperar. “

Para sequenciar o genoma de referência do camundongo aquático europeu, uma amostra de sangue foi retirada de um indivíduo vivo do sexo masculino de A. amphibius que fazia parte da população reprodutora em cativeiro do Wildwood Trust em Kent, Reino Unido. O DNA foi extraído dessa amostra e sequenciado por cientistas do Wellcome Sanger Institute nos instrumentos SEQUEL I e Illumina HiSeq X da Pacific Biosciences.

O Professor Rob Ogden, Diretor de Ciências da Conservação da Universidade de Edimburgo, disse: ‘Entender a diversidade genética e a estrutura populacional dos ratos-d’água é um aspecto importante de sua conservação no Reino Unido e é fundamental para as diretrizes internacionais sobre o movimento de gestão da conservação. A liberação do genoma do rato d’água fornece um conjunto abrangente de ferramentas genéticas para apoiar a sustentabilidade futura das espécies no Reino Unido. “

O genoma do rato d’água é publicado como parte do Darwin Tree of Life Project, que verá as organizações parceiras sequenciarem e montar os genomas de 70.000 espécies de animais, plantas, fungos e protistas na Grã-Bretanha e na Irlanda.

O professor Mark Blaxter, líder do projeto Darwin Tree of Life no Wellcome Sanger Institute, disse: “O rato-d’água europeu é um excelente exemplo de uma espécie britânica cuja diversidade genética corremos o risco de perder antes de termos a chance de registrá-lo totalmente. Este genoma de referência de Arvicola amphibius de alta qualidade nos permitirá fazer isso, bem como apoiar os esforços contínuos de conservação para preservar as populações existentes e reintroduzir novas de uma forma que garanta que essas populações sejam geneticamente robustas. “

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Materiais fornecido por Wellcome Trust Sanger Institute. Nota: o conteúdo pode ser editado quanto ao estilo e comprimento.